Probioottien terveyshyödyt eivät liity pelkästään käytettyihin kantoihin, vaan myös läheisesti annokseen. Tieteelliset tutkimukset osoittavat, että probiootit voivat kolonisoida, lisääntyä ja saada sääteleviä vaikutuksia suolistossa vain, kun niitä kulutetaan riittävinä määrinä. Näin ne voivat parantaa suoliston mikrobiota, edistää ruoansulatusta ja ravinteiden imeytymistä tai parantaa vastustuskykyä. Tehokas annos vaihtelee kuitenkin kannasta riippuen. Esimerkiksi jotkut kannat voivat tuottaa positiivisia vaikutuksia vain muutaman sadan miljoonan elävän solun päivittäisellä saannilla, kun taas toiset vaativat suurempia määriä havaittavien hyötyjen saavuttamiseksi.
Samalle kannalle tietyllä alueella suurempi annos tuottaa yleensä todennäköisemmin merkittäviä terveyshyötyjä kuin pienempi annos. Tämä ei kuitenkaan tarkoita, että "enemmän on aina parempi". Suositellun annoksen ylittäminen ei tehosta vaikutusta jatkuvasti ja voi jopa johtaa hukkaan tai joissakin tapauksissa lisätä ruoansulatuskanavan epämukavuuden riskiä.
Lisäksi, koska eri kannoilla on erilaiset ominaisuudet ja vaikutusmekanismit, pelkkä elävien solujen lukumäärän vertailu tuotteessa ei osoita sen kokonaistehokkuutta. Tieteellisempi tapa arvioida probioottien tehokkuutta on viitata tiettyä kantaa tukevaan kliiniseen näyttöön pelkän määrän sijaan. Tuotteita valitessaan kuluttajien tulisi keskittyä kantoihin, joilla on kliinisiä tutkimustuloksia ja arvovaltaisia sertifiointeja, ja valita yksilöllisiin tarpeisiinsa sopivat kannat sen sijaan, että he etsisivät sokeasti suuria annoksia tai pelkkä määrä eläviä bakteereja.