Probioottien sisällyttämisessä ruokamatriiseihin on keskityttävä yhdeksään haasteeseen. Ne ovat: 1. kannan valinta, 2. kannan tuotanto, 3. kuinka ruoat rokotetaan, 4. kuinka varmistetaan eloonjääminen prosessoinnin aikana, 5. kuinka vältetään elinkelpoisuuden menetys varastoinnin aikana, 6. kuinka lasketaan [probiootit] pesäkkeiden määrä , 7. Vaikutukset ruoan aistinvaraisiin ominaisuuksiin, 8. [Tuotteen säilöntä] vakauteen kuluttajien kodeissa, 9. Ja rooli ruoansulatuskanavassa.
Erityisesti mehuissa orgaaniset hapot saattavat usein tuotteen pH:n alle 4:n, mikä estää probioottien selviytymistä. Valinnassa tulee ottaa huomioon ne probiootit, jotka sietävät matalaa pH:ta, kuten Lactobacillus Bifidobacteriumin sijaan.